Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Universitas Lambung Mangkurat dibuka dengan dasar pemikiran bahwa Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam sebagai induk dari ilmu pengetahuan dipandang perlu dalam suatu Perguruan Tinggi.
Pembukaan FMIPA bermula dari keinginan dan obsesi Rektor Unlam saat itu, Prof. H. Alfian Noor bahwa FMIPA harus dibuka dalam kurun waktu kepemimpinan beliau. Dan sebagai awal sebelum Fakultas dibentuk, maka dibuka terlebih dahulu Program Studi yang akan menjadi bagian dari FMIPA. Maka, pada tahun 1999, Rektor mengeluarkan surat penugasan No:935/J08/PP/1999 tanggal 10 Mei 1999 untuk merevisi proposal pendirian Program Studi Matematika, Fisika, Kimia dan Biologi Jurusan tersebut di FMIPA Universitas Lambung Mangkurat pada mulanya diketuai Prof.DR.Ir.Hj. Hakimah Halim, M.S.
Pada tanggal 9 Juni 1999, Rektor mengeluarkan Surat Keputusan No: 255/J08/OT/1999 untuk membentuk Unit Pelayanan MIPA Universitas Lambung Mangkurat yang dipimpin oleh Ir.H.Rachmadi HT.
Sebagai tindak lanjut Unit Pelayanan MIPA, pada tanggal 20 Oktober 1999 dengan surat no:2180/J08/PP/1999, Rektor mengirimkan proposal usulan pembukaan Program Studi yang telah direvisi serta usulan pembukaan FMIPA Universitas Lambung Mangkurat ke Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI dan tembusan surat tersebut disampaikan ke konsorsium Ilmu-ilmu MIPA. Dengan usulan tersebut, maka pada tanggal 18 - 21 Januari 2000, telah datang tim kunjungan Komisi Disiplin Ilmu Matematika dan Sains Dewan Pendidikan Tinggi ke Universitas Lambung Mangkurat untuk melakukan proses penilaian.
Proses yang begitu panjang mulai membuahkan hasil, dengan dikeluarkannya Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional RI pada tanggal 25 Agustus 2000 tentang pembentukan Program Studi S1 Biologi No. 300/DIKTI/KEP/2000, Program Studi S1 Kimia No. 301/DIKTI/KEP/2000, Program Studi S1 Matematika No. 302/DIKTI/KEP/2000, sedangkan Program Studi Diploma III Fisika dibentuk oleh Surat Keputusan Rektor Unlam No. 427/J08/PP/2000 tanggal 28 Agustus 2000.
Dengan telah keluarnya surat keputusan pembukaan Program Studi seperti tersebut di atas, maka tahun ajaran 2000/2001 keempat Program Studi sudah mulai melakukan proses belajar mengajar dibawah koordinasi pengelolaan Dekan Fakultas Teknik Unlam dan berkampus di Komplek Unlam Banjarbaru. Berdasarkan SK Menteri Pendidikan Nasional RI nomor 147/O/2001 pada tanggal 11 September 2001 FMIPA resmi didirikan sebagai Fakultas ke-10 (sepuluh) di Universitas Lambung Mangkurat.
Keberadaan FMIPA Universitas Lambung Mangkurat semakin lengkap dengan keluarnya Surat Ijin penyelenggaraan dari Dikti tanggal 12 November 2004 tentang pendirian Studi S1 Fisika Melalui dana bersaing TPSDP dan Program Studi S1 Farmasi dengan surat izin penyelenggaraan dari DIKTI tanggal 7 Desember 2005.